一)对微生物的控制 对于微生物(如细菌、病毒、朊病毒等 ) 的危害防控措施，可以采用清洁消毒、加热灭菌、低温贮存、添加防腐剂、建立不利于微生物生存繁殖的环境等措施，也可以加强源头控制，消除或降低原料带入产生的危害风险主要控制措施包括：通过清洁消毒措施，去除或杀灭生产经营环境、人流物流以及食品接触设备、工具、包装材料带入的微生物；设置科学合理的灭菌工艺和杀菌温度、时间等工艺参数，杀灭原料、半成品、成品和包装材料中的微生物；采用冷冻、冷藏、充氮等低温、隔氧贮存方式，或者建立干燥的生产、贮存环境，创造不利于微生物生长的环境条件；按照食品安全标准合理使用防腐剂，抑制微生物生长繁殖；采用发酵工艺或使用高盐、高糖、高油、高酸度产品配方，防止非预期微生物的生长； 严控原料微生物指标、严格进货查验，降低或消除采购的食品原料、食品添加剂、食品包装材料和食品等自身的微生物危害风险二)对寄生虫的控制寄生虫通常存在于采购的动植物食材中食品生产经营企业可以通过对动植物性原料的彻底清洗和充分加热、熟制，以及在生产、销售、餐饮服务过程中将使用的加工制作设备、工具、容器等采用生熟分开等方式，消除寄生虫带来的危害风险三)对虫害的控制虫害是指由昆虫、鸟类、啮齿类动物等生物(包括苍蝇、蟑螂、麻雀、老鼠等 ) 造成的不良影响。
虫害本身往往带有一定量的微生物或寄生虫，加上自身可能产生的毒素和携带的异物，一旦侵入食品或食品加工环境或设备设施，会带来生物性、化学性、物理性的多种危害防控虫害的主要措施包括：制定和执行虫害控制措施，并定期检查措施效果；保持生产经营场所相关建筑物的完好和环境整洁，防止虫害侵入及滋生；在生产经营场所配置纱帘、纱网、防鼠板、防蝇灯、风幕等装置，防止鼠类、昆虫等虫害侵入；准确绘制虫害控制平面图，定期检查捕鼠器、粘鼠板、灭蝇灯、室外诱饵投放点、生化信息素捕杀装置等装备的虫害防控效果；保持食品包装、贮存容器的密闭良好，防止在加工、贮存、销售等环节的虫害侵入等采用物理、化学或生物制剂进行虫害消杀处理时，不应影响食品安全，不应污染食品接触表面、设备、工器具及包装材料应优先使用物理方法消除虫害四) 对真菌毒素的控制真菌毒素是真菌在生长繁殖过程中产生的次生有毒代谢产物真菌在自然界广泛存在，如谷物中的黄曲霉、镰刀菌，水果中的展青霉，谷物、豆类、水果中的赭曲霉等这些真菌在生长繁殖过程中会产生黄曲霉毒素、脱氧雪腐镰刀菌烯醇、展青霉素、赭曲霉毒素、玉米赤霉烯酮等真菌毒素食用真菌毒素超过食品安全国家标准规定限量的食品，易导致食物中毒、致病、致癌等食源性疾病。
食品生产经营企业可以通过严格原料进货查验、严控生产经营环境条件、严格清洁消毒规程等多种措施，降低或消除真菌毒素带来的危害。