1距离法构建系统系树1•将要分析的所有序列存在“txt”文件里序列名为“〉XXXXX”，“X”不能为汉字、标点2.打开CLUSTALX.EXE软件，①file—loadsequences—选择你要比对的序列文件；②alignment—outputformatoptions—在OutputFiles里选择PHYLIPformat（Phylip建树用的文件格式）、NEXUSformat（PAUP建树用的格式），CLUSTALformat（可以直接看到树），可以多选几个，下边的两个OFF改成ON—CLOSE.③alignment—docompletealignment，会自动产生3个文件：“*.nxs”（PAUP建树用的格式）、“*.aln”、“*.phy”（Phylip建树用的文件格式）此时简单的方法是将“*.aln”文件直接拉到TREEVIEW中，即可产生一个树状图（距离分析法NJ模式的树状图）我们一般不用，只是参考3•手工修改，用BioEdit软件打开“*.phy”文件进行手工修改这步很重要）4. 打开SALAMAND软件5. 在SALAMAND软件下打开打开PHYLIP软件，将先前已存好的*.phy文件复制到PHYLIP下并重命名为infile文件。
6. 运行SEQBOOT.exe文件，给一个运行数字，一般是4N+1，以保证每次都按此数字运行然后按R后回车，以更改重复次数，一般不低于1000，然后按Y回车这样就自动产生一个outfile文件，按F3查看此文件，将outfile改为infile7. 距离分析法：运行DNADIST，进入DNADIST后，进行如下操作：①按D,选择一种运算方法，有四种距离模式可以选择，分别是Kimura2-parameter、Jin/Nei、Maximum-likelihood和Jukes-Cantor（J-C），可以任选一种②按M回车，输入一个与前SEQBOOT的重复次数相同的数字1000，然后按Y回车这样DNADIST就自动产生一个outfile文件，按F3查看此文件③将outfile重命名为infile，按F3查看此文件8. 运行NEIGHBOR.exe，具体步骤如下：①按N选择一种运算方法：Neighbour-Joining和UPGMA；②按M后回车，输入与前面相同的运算重复次数1000后按回车，再按Y后按回车，自动生成一个“outfile”文件和“treefile”文件，这时按F3查看treefile文件记住外群的位置，用记事本和TREEVIEW打开后，发现这两个文件都含有100或1000个进化树。
按F3查看outfile文件，同时可见有树tree出现③将treefile重命名为infile这步还可以运行FITCH.EXE生成没有分子钟的树；KITSCH.EXE生成有分子钟的树但我们一般都用的是NEIGHBOR方法生成Neighbour-Joining或UPGMA树）9. 因为上一步产生好多树，所以此步骤就是选择个最好的树（真树）运行CONSENSE文件，具体步骤如下：①需输入外群的位置outgroupnumber，按O后输入位置代码number，然后回车；②按Y回车，CONSENSE自动生成一个outfile文件和treefile文件，按F3查看outfile文件，看外群的位置是否适当10. 打开TREEVIEW软件，将CONSENSE产生的treefile文件直接拉到TREEVIEW中，然后在TREEVIEW中按tree—showinternaledgelabels—file—saveasgraphic—将图象保存为*.emf文件2DNA简约法和DNA最大似然法构建系统树1将要分析的所有序列存在“txt”文件里序列名为“〉XXXXX”，“X”不能为汉字、标点2打开CLUSTALX.EXE软件，①file—loadsequences—选择你要比对的序列文件；②alignment—outputformatoptions—在OutputFiles里选择PHYLIPformat（Phylip建树用的文件格式）、NEXUSformat（PAUP建树用的格式），CLUSTALformat（可以直接看到树），可以多选几个，下边的两个OFF改成ON—CLOSE.。
③alignment—docompletealignment,会自动产生3个文件：“*.nxs”（PAUP建树用的格式）、“*.aln”、“*.phy”（Phylip建树用的文件格式）此时简单的方法是将“*.aln”文件直接拉到TREEVIEW中，即可产生一个树状图（距离分析法NJ模式的树状图）我们一般不用，只是参考3手工修改，用BioEdit软件打开“*.phy”文件进行手工修改这步很重要）4打开SALAMAND软件5在SALAMAND软件下打开打开PHYLIP软件，将先前已存好的*.phy文件复制到PHYLIP下并重命名为infile文件6运行SEQBOOT.exe文件，给一个运行数字，一般是4N+1,以保证每次都按此数字运行然后按R后回车，以更改重复次数，一般不低于1000，然后按Y回车这样就自动产生一个outfile文件，按F3查看此文件，将outfile改为infile7DNA简约法和DNA最大似然：运行DNAPARS.EXE简约法或DNAML.EXE最大似然按M回车，输入一个与前SEQBOOT的重复次数相同的数字1000，然后按Y回车这样DNAPARS.EXE或DNAML.EXE就自动产生一个“outfile”文件和“treefile”文件，这时按F3查看treefile文件记住外群的位置，用记事本和TREEVIEW打开后，发现这两个文件都含有100或1000个进化树。
按F3查看outfile文件，同时可见有树tree出现③将treefile重命名为infileo8因为上一步产生好多树，所以此步骤就是选择个最好的树（真树）运行CONSENSE文件，具体步骤如下：①需输入外群的位置outgroupnumber，按O后输入位置代码number，然后回车；②按Y回车，CONSENSE自动生成一个outfile文件和treefile文件，按F3查看outfile文件，看外群的位置是否适当9.打开TREEVIEW软件，将CONSENSE产生的treefile文件直接拉到TREEVIEW中，然后在TREEVIEW中按treeshowinternaledgelabels—file—saveasgraphic—将图象保存为*.emf文件PAUP软件的使用1. 将CLUSTALX的输出文件“*.nxs”用MaCladever进行手工修改保存为“nxs”格式文件名不能为汉字、不能有空格2. 打开PAUP4.0建树步骤如下1）open—找到之前修改好的"*.nxs"文件—chooseExecuter—clickExecuter2）AfterExecuter—Analysis—chooseparsimonyorlikelihood—thenchooseHeuristicsearch—in"Heuristicsearch"choose"Genrealsearchoptions",inkeepchoose"besttreeon“"—Click"SetMaxTree"—in"SetMaxTree"change"Enteravalueforthemaximumnumberoftreestobesaved"as"100"or"200".—in"Actioniflimitsis"—choose"Leaveunchanged,anddon'tprompt"thenclick"OK"—in"Heuristicsearch"choose"Stepwise-AdditionOptions"—in"Additionsequence"choose"random"—in"Heuristicsearch"choose"Branch-SwappingOptions"—in"Swappingalgorthm"choose"TBR"thenclick"Search"Thecomputerbegintoanalysis.（这步在"Heuristicsearch"下设定的一些参数是没有先后顺序的）3）Afterfinishclick"Close"—clickTreeschoose"SaveTreestoFile"（如果你有时间继续的话，这步可以省略。
如果没有时间可以把树存上下次做的时候可以直接把存好的文件拖到PAUP里继续向下做）4）设置外群Makeoutgrop:click"Options"—choose"Rotting"—Click"DefineOutgroup"thenchooseyourOutgroup（这步完事时候为了看一下你选的外群是否合理可以在Trees—PrintTreesclickprint这样你就能看到一个树，如果外群不合理需要换外群）5) 树的评分Treescores:Trees—Treescores—choose"likelihood"—in"likelihood"click"Topologytests",therehavetwomethodschooseborth.—inthekishion-HasegawatestchooseNormalorRELL；intheShimodaira-hasegawatestchooseRELL.—Click"OK".Afterfinishwillshowthebesttreenumber,rememberthenumber—Trees—Treescores—choose"parsimony"—in"Measurestoshow"chooseall—in"Trees"chickthebesttreenumber.Thenthecomputerwillshowsomedataofthebesttree.rememberthesedata—gotoTrees—choose"printTreesJ—choosethebesttreenumber—choose"preview"—click"SaveasPICTFile"6) 最优树的评价Bootstrop：gotoanalysischooseBootstrap/Jackknife——changethenumberofreplicatesas1000or500——choose"Continue"——in"Heuristicsearch"choose"Stepwise-AdditionOptions"——in"Additionsequence"choose"simple"——click"search"——afterfinishgotoTrees——clickprintbootstropConsensus,choose"preview"——click"SaveasPICTFile".。