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甲基化实验步骤

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甲基化实验步骤_第1页
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重亚硫酸盐修饰基因组DNA的制备采用EZ DNA Mehtylation-Gold KitTMD5005试剂盒,按照操作说明书分别对提取的Blank、Cya基 因组DNA进行重亚硫酸盐修饰1. 分别吸取10 uL Blank和Cya DNA样品到PCR管中,加入10 uL水补足20 uL,每个 样品加130uL CT conversion reagent轻弹管子或者用枪吹打混匀,离心使液体沉到管 底2. 将管子放到热循环仪中,运行以下步骤:1. 98°C lOmin2. 64C 2.5h3. 4C保存可至20h3. 力口 600 u L M-Binding Buffer 到 Zymo-SpinTMIC Column,柱子放在提供的收集管中4. 把样品(来自步骤2)加到装M-Binding Buffer的Zymo-SpinTMIC Column中盖上盖子, 颠倒混匀5. 全速离心(210000g) 30s倒掉流穿液6. 力口 100 uL M-Wash Buffer到柱子上全速离心30s7. 力口 200 u L M-Desulphonation Buffer 到柱子上,室温(20C-3OC )静置 15-20min。

孵育 完成后,全速离心30s8. 力口 200 uL M-Wash Buffer 到柱子上全速离心 30s另加 200 uL M-Wash Buffer,再离 心 30s9. 把柱子放到1.5mL离心管垂直加10 uL M-Elution buffer到柱子基质全速离心30s 洗脱DNA二. PCR 扩增反应模板:重亚硫酸盐修饰的Blank、Cya基因组DNA引物上游:CTCAAGCTTCGAATTTTTTTATAAGAAGAAGATAAG 下游:TAGATCCGGTGGATCAAAACTCCACCACAAACCACTT 目的片段长度:476bp1. 操作步骤:反应体系模板 0.5uL10XKOD plus buffer 5 u LdNTPS Mixture(2.5mM each) 5uLMg2+4uL上游引物3uL下游引物3uLDMSO4uLKOD plus 酶2uLddH2O23.5uLTotal50uL反应条件:1) 95 °C 3min2) 95C 25s; 48C 15s; 72C 45s35Cycles3) 72C 10min; 4C 8电泳将上述50uL PCR产物与10uL 6XLoading Buffer混匀,经1%琼脂糖凝胶电泳:125V, 25min ;凝胶图像分析系统观察结果,拍照。

M Blank Cya结果:20001000750500250100目的片段切胶回收按照AxyPrep DNA凝胶回收试剂盒说明书回收目的片段1. 在紫外灯下切下含有目的DNA的琼脂糖凝胶,计算凝胶重量,该重量作为一个凝胶 体积2. 加入3个凝胶体积的Buffer DE-A,混合均匀后于75C加热,间断混合,直至凝胶 块完全熔化3. 加0.5个Buffer DE-A体积的Buffer DE-B,混合均匀4. 吸取步骤3中的混合液,转移到DNA制备管中,12000Xg离心1min5. 将制备管置回2mL离心管,加500 uL Buffer W1, 12000Xg离心30s,弃滤液6. 将制备管置回2mL离心管,加700 uL Buffer W2, 12000Xg离心30s,弃滤液以 同样的方法再用700 uL Buffer W2洗涤一次,12000Xg离心1min7. 将制备管置回2mL离心管中,12000Xg离心2min8. 将制备管置于洁净的1.5mL离心管中,在制备膜中央加25 uL加热至65C的去离 子水,室温静置1min12000Xg离心1min洗脱DNA三. 重组1. YFPC1 质粒 EcoR I、BamH I 双酶切将抽提好的YFPC1质粒按以下步骤进行双酶切。

反应体系:EcoRI1uLBamHI1uLYFPC1质粒5uL10XK2uLH2O11uL共4管反应条件:37 °C 2h 酶切完成后,4管合成2管,1%琼脂糖凝胶检测,结果正确切胶回收2. 连接采用 GenaCopoeia Fast-Fusion™克隆试剂盒反应体系:YFPC1双酶切产物 5uL目的片段 3UL10X Clonase Buffer 1 u LFast-FusionTMClonase 1 u L轻弹管壁使配置好的反应液分散均匀25C温育15min冰上保存直至转化四. 转化1. 从-80C冰箱取出大肠杆菌DH5a感受态细胞悬液,室温解冻,解冻后立即置于冰上2. 将重组产物全部加入感受态中,轻弹混匀,冰上放置30min3. 42C水浴中热击90s,热击后迅速置于冰上冷却3-5min4. 向管中加入800uL无抗LB液体培养基,混匀后摇床37C,200rpm培养1h5. 菌液5000rpm离心5min,倒掉上清,混匀,均匀涂于LB (K+抗性)平板,37C培养箱培 养过夜五. 摇菌测序分别挑取Blank、Cya组20个转化子,3mL LB (K+抗性)培养基37C摇床200rpm过夜培养。

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